Մարդու իրավունքնեի պաշտպանի գործունեության առաջնահերթություններից է զինված ուժերում մարդու իրավունքների պաշտպանությունը, ներառյալ՝ զինծառայողներին և նրանց ընտանիքների անդամներին: Պաշտպանի աշխատակազմն ունի մասնագիտական անհրաժեշտ կարողություններ՝ հետևելու զինված ուժերում իրավասու մարմինների ու պաշտոնատար անձանց կողմից մարդու իրավունքների ապահովմանը:
2016 թվականից Պաշտպանի աշխատակազմում ստեղծվեց Քրեադատավարական և զինծառայողների իրավունքների պաշտպանության մասնագիտացված վարչություն։ Արդեն 2017 թվականին հիմնվեց Զինծառայողների և նրանց ընտանիքների անդամների իրավունքների պաշտպանության բաժինը, որը մասնագիտացված ստորաբաժանում է Քրեական արդարադատության ոլորտում և զինված ուժերում մարդու իրավունքների պաշտպանության դեպարտամենտի կազմում:
Պաշտպանն իրականացնում է քաղաքացիների զինապարտությանն առնչվող իրավունքների պահպանություն բոլոր փուլերում` զինվորական հաշվառում և զորակոչ, զինվորական ծառայության բուն ընթացք, պահեստազոր: Նրա քննարկմանն են ենթակա, օրինակ` զինապարտների առողջական վիճակի, կարգապահական իրավունքների և սոցիալական երաշխիքների վերաբերյալ հարցերը։
Այս ոլորտում Պաշտպանի աշխատանքի հիմնական ուղղություններն են` զինված ուժերում մարդու իրավունքների պաշտպանության վիճակի, ոլորտում առկա խնդիրների, այդ թվում՝ գործնական և օրենսդրական թերությունների հետ կապված հարցերը: Դրանք վեր են հանվում ստացված բողոքների, զինվորական հաստատություններ չհայտարարված այցերի, ինչպես նաև հասարակական կազմակերպությունների և լրատվամիջոցների հրապարակումների հիման վրա։
Ոլորտի օրենսդրության կատարելագործման նպատակով մշակվում են օրենքների և այլ իրավական ակտերի նախագծեր, կարծիքի ներկայացված նախագծերի վերաբերյալ առաջարկներ, ինչպես նաև Սահմանադրական դատարան են ներկայացվում դիմումներ և հատուկ դիրքորոշումներ: Անհրաժեշտության դեպքում մշակվում են Հայաստանի դեմ ՄԻԵԴ ներկայացված գանգատներով որպես երրորդ կողմ ներգրավման, ՄԻԵԴ վճիռների կատարման փուլում ԵԽ Նախարարների կոմիտե ներկայացման համար հատուկ դիրքորոշումներ:
Պաշտպանին աջակցող մարմին է նրան առընթեր գործող Զինծառայողների իրավունքների հարցերով փորձագիտական խորհուրդը, որի կազմում ընդգրկված են հասարակական կազմակերպությունների ներկայացուցիչներ, փաստաբաններ, ինչպես նաև հոգեբանության, սոցիոլոգիայի ոլորտի անկախ փորձագետներ: